| 生物学常用符号书写规范 |
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生物学常用符号书写规范
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2017-08-18 08:39
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生物学常用符号书写规范
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1、物种名称：
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瑞典分类学家林奈的“双名法”(属名+种名+定名人)，要求对物种学名属以上用拉丁文正体表示，属以下(包括属)用拉丁文斜体表示；属以上学名首字母大写，种名及亚种、变种名全小写。病毒的英文通用名称用正体大小写表示[1]。
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2、雌雄性符号：
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性别是生命的基本属性之一。雌雄性符号“♀”早就见于文献书刊，其出处已难于查考。中国遗传学奠基人李汝祺在《发生遗传学》一书中曾提到其来源，是以古希腊神话中女神Venus的镜子“♀”作为雌性的标志，以战神Mars的矛和盾“♂”作为雄性的标志。必须注意的是，雄性符号的那个箭头是指向右上方而不是正上方，但目前一些编辑排版软件的符号库里只有箭头向正上方的符号，这是错误的，从继承人类文化遗产的角度，建议排版软件及各类字库、符号库的设计者们注意这一问题，不要随意改动这一世界通用的传统符号。
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3、氨基酸的缩写：
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自然界有20种常见氨基酸，其三字母符号为其英文名称前三个字母，首字母大写；单字母符号除两种酸性氨基酸(天冬酸D、谷氨酸E)、两种酰胺(天冬酰胺N、谷氨酰胺O)、两种碱性氨基酸(赖氨酸K、精氨酸R)和三种芳香族氨基酸(苯丙氨酸F、酪氨酸Y和色氨酸W)外，其余均为其英文单词首字母的大写。
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4、核苷酸碱基缩写：
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A(腺嘌呤)、G(鸟嘌呤)、C (胞嘧啶)、T(胸腺嘧啶)、U(尿嘧啶)。
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5、免疫球蛋白：
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免疫球蛋白(immuno globulin, Ig)的缩写有IgA、IgD、IgE、IgG、IgH、IgM、IgY等。
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6、血红蛋白：
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血红蛋白(hemo globin)的缩写有HbA、HbH、HbF、HbCS、MHb等。
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7、细胞色素：
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细胞色素a、b、c、d以英文小写字母表示。细胞色素P2450系列，如P12450、P2450c、P2450Κ、P32450等，一般将其中的“P”排为大写，“450”与“P”平排，用对开连接线连接(另请注意其中要排成下角标的地方)。建议以此统一。
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8、维生素：
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以英文大写字母A、B、C、D、E等表示，其族内编码以阿拉伯数字下角标(如B1、B2、B12等)表示。
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9、基因在染色体上的定位：
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例如编码Wilms瘤的WT-1基因定位于人11号染色体短臂1区3带，以平排的11p13表示；编码肝癌的RA-1基因定位于16号染色体长臂2区2带1亚带至2区3带2亚带，以16q22.1～q23.2表示，建议不要误排为16q22.1～q23.2。
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10、基因与其表(现)型产物符号：
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基因(核酸)与其表(现)型产物(蛋白质)在遗传学上是完全不同的两种概念。基因符号用斜体、表型产物符号用正体的表示法首先于50年代初由一位南斯拉夫细菌遗传学家提倡，很快被学术界所接受，并推广到所有物种。不同物种的基因符号一律斜体，其表型、产物符号一律正体，这不是什么会议和机构的强制规定，而是半个世纪以来国际学术界已经约定俗成的通用写法。由于自然界物种繁多，基因类型繁杂，又逐渐形成了以大小写字母的变换、前后缀、上下角标等标记来区别物种属性、基因所代表特定表型的突变如显陷性、抗性、对环境条件的敏感性等特征的约定，并通过国际上后来陆续建立的有关各物种遗传符号命名委员会的确认与公布，这样，物种的基因符号和表型产物符号也就同时包含了其所属物种和基因功能特征的信息。这些含义丰富的符号对于简化文字叙述起了很好的作用。
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现依据著名分子生物学杂志Trends in Genetics1995年3月归纳发表的“遗传符号命名指导细则(TIG nom enclature guide)”，以及我们过去翻译过的W.H.Freeman & Company、Cold Spring Harbor Laboratory Press、John Wiley & Sons, Inc.等的书刊，将基因及其表型产物符号的用法举例列表如下，供参考。
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物种的基因及其表型产物的符号书写：
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注释：编辑审稿时，凭借一定的生物学知识，应能对符号是代表基因还是代表其表型产物进行判断。比如，遇到(×××代表符号)“×××编码某蛋白”、“×××的转录”、“×××的外显子/内含子”、“×××cDNA”、“×××的产物”、“×××翻译产物”、“×××所含核苷酸…”之类的文字，一般可判断该符号代表基因，应排斜体；若是见到“×××素”、“×××酶”、“×××因子”、“×××含…氨基酸/…肽”、“×××的分子量”、“×××复合物”、“×××亚单位”、“×××二聚体”、“转录因子×××”、“×××介导的…”等等，则一般可断定该符号代表产物，应排正体。遇到“×××的表达”、“×××蛋白”、“×××基因”这类模棱两可的文字，若根据上下文难以判断，建议向作者问清楚。由于各物种的基因符号是在学科发展的具体历史中形成的，缺乏齐整的划一性。例如，上角标“r”在某些真菌和质粒基因符号上是抗性标记，而在果蝇基因符号上就成为相对于显性“D”的隐形突变标记，而“rv”则为回复突变标记，等等。基因符号的复杂性要求编辑必须做好编前工作，最好要求作者自己将符号的正斜体、前后缀、上下角标(及其正斜体)书写标注清楚。至于审稿时作某些质疑，也是编辑责无旁贷的协助作者定稿的工作之一。
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表示突变型基因的符号，应该在座位符号右上角加上“＋”或“－”来表示。例如hisA－表示组氨酸缺陷型基因，hisA＋表示相应的野生型基因，与链霉素抗药型有关的基因座位称为strR(或str－r)，敏感的野生型基因是strS(或str－s)。另外还有一些常见的基因符号代表特定的意义，譬如，inc代表不亲和性，rep代表复制，tra代表转移，fin代表致育抑制，ori代表复制起点，Dam代表DNA腺嘌呤甲基化酶等等[2]。
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10.1酵母：
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裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)：基因符号由3个小写斜体字母与1个阿拉伯数字组成，如arg1、leu2、cdc25、rad21。同一基因座上的不同等位基因，在基因座符号后用连字符加上等位基因特异的后缀来命名，如ade6-M26、ade6-469。特定基因的野生型等位基因用上标“＋”表示，如arg1＋。蛋白质用相应基因的基因符号表示，正体且首字母大写，如Arg1、Leu2、Cdc25、Rad21。
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酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)：基因符号由3个斜体字母与1个阿拉伯数字组成，其中，字母小写表示隐性，大写表示显性，如ade5、cdc28、CUP1、SPC105，等位基因的名称包括基因符号、连字符和1个斜体书写的数字，如act1-606、his2-1。蛋白质用相应的基因符号命名，正体首字母大写且加上后缀“p”，如Ade5p、Cdc28p、Cup1p、Spc105p。
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10.2植物：
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莱哈衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)：基因符号由3个大写斜体字母组成。具有相同名称的不同基因座其后加阿拉伯数字以示区别，如TSB1、TUD1、TUB2、ARG7，野生型等位基因用大写斜体字母和阿拉伯数字(不用“＋”上标)表示，如TSB1。突变型等位基因用小写斜体字母表示，同一基因座的不同突变型等位基因用连字符将序号与基因名分开，如maa1-1。蛋白质用相应的基因名称表示，正体大写，如TSB1、TUD1、TUB2、ARG7。
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玉米：基因符号由3个小写斜体字母和1个阿拉伯数字组成，如dek1、dek12、adh1，由于玉米是一种高度多态性的物种，有许多特别的突变体和非突变体等位基因，因此玉米的每个等位基因几乎都有1个后缀，后缀与基因符号间用连字符隔开。其中隐性等位基因小写，显性与共显性等位基因首字母大写，如dek12-4567、Dek12-W23。蛋白质的符号与相对应的基因相同，但为正体大写，如DEK1、DEK12、ADH1。
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豌豆：基因通常由3个斜体字母组成，如首字母大写，其余2个字母小写表示显性突变的基因，隐性突变基因的3个字母皆为小写，如Gty、bot、lam，但早期的基因符号变化较大，1～4个字母不等，如a、b、aerc、coch，显性等位基因首字母大写，而隐性等位基因字母全部小写。如Np、Sym4、cry、d。蛋白质用相应的基因名称命名，正体大写，如UNI。
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拟南芥(Arabidopsis thaliana)：野生型基因符号由3个斜体的大写字母组成，可用不同的编号区分具有相同字母符号的不同基因座，如EMB1。突变体基因符号用相应的基因座名称的3个小写斜体字母命名，如det1，相同基因座的不同等位基因的命名在基因名后加1个连字符和1个数字表示，如det-1、det-2(如果仅知道1个等位基因，则可以不加连字符，例如只知道1个等位基因时，abc3=abc3-1)，显性和隐性等位基因不需要特别地区分，也允许在某个等位基因名称的后面加1个D表示显性，如abc5突变体等位基因2在杂交中对野生型是业性的，可以用abc5-2D 表示。蛋白质常用相应的基因符号命名，且正体大写，如EMB1、EMB2、DET1、DET2。
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10.3动物：
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秀丽新小杆线虫(Caenorhabditis elegans)：基因符号由3个小写斜体字母、1个连字符和1个阿拉伯数字组成，如dpy-5、dfy-2、let-3、mlc-31、unc-13，野生型等位基因在基因名后的括号内用1个加号表示，如dpy-5(＋)、let-37(＋)，突变体等位基因在括号内用1个表明突变体的编号和所来源的实验室的后缀，即等位基因要加1个实验室专一的符号，如e表示英国剑桥大学MRC实验室，mn表示Minnesota州立大学的R.K.Herman实验室，如dpy-5(e61)、let-31(mn138)。等位基因隐性和显性(以及其他)特性可以用1个正体后缀表示(如dm表示显性，ts表示温度敏感)，如unc-1(e1598dm)、fem-(1hc17ts)。蛋白质用相应的基因名称命名，以正体大写字母表示，如DPY25、DFY22、LET237、MLC23、UNC213。
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果蝇(Drosophila melanogaster)：基因符号通常采用基因名的缩写，斜体书写，小写表示隐性突变基因，首字母大写表示显性突变基因，或采用蛋白质名来命名的基因，如sev、al、mal、ftz、Dfd、Sos、Ace，等位基因用上标符号(最好不超过3个字符)加以区别，上标字符可从a～z、A～Z、0～9～＋～－等中选用，如sc1、mejp、mysts1。蛋白质用相应的基因符号来命名，正体大写，如SEV、FTZ、AL、MAL、DFD、SOS、ACE、SU(WA)。
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斑马鱼(Zebra fish)：基因符号用3个小写斜体字母表示，中间无连字符，同一基因家族中的不同基因成员则按顺序编号，如cyc、brs、eng1、eng2、ntl，等位基因分别用上标的“＋”号或“－”号表示野生型或突变型。如cyc＋、brs＋、eng1＋、eng2－、ntl－。蛋白质符号与基因符号相同，但为正体且首字母大写，如Cyc、BRS、Eng1、Eng2、Ntl。
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鸡(Chick)：基因符号仅由斜体大写的字母和阿拉伯数字组成，无任何标点或上下标，如H5、BMP1，等位基因由斜体大写的字母和阿拉伯数字组成，用星号将基因符号与特异的等位基因符号隔开，如H5*1、BMP1*A(注意*并非上标)。蛋白质的命名与基因相同，但为正体，如H5、BMP1[3]。
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11、转座子符号：
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依据前述国外文献，不同物种的表示方式略有差异。细菌的转座子是符号正体，编码斜体，如：IS3、Tn9等；玉米的转座子则全部斜体，如Ac、Ds、Ma1等。
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12、基因工程工具：
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12.1 限制性内切核酸酶：
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近20年来，较为正规的出版物均按下述规范书写，即前三字母是酶源物种学名部分的简写，斜体；后面的字母和编码全部正体平排。例如：EcoRⅠ、HindⅢ、BamHⅠ、SalⅠ、BglⅡ、AvaⅠ、HinfⅠ、MboⅡ、AsuⅠ、HphⅠ、TaqⅠ等。
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核酸限制性内切酶的命名首先是由Smith和Nathams于1973年提出的，1980年Roberts在此基础上进行了系统分类，总规则是以内切酶来源的微生物学名进行命名。Ⅱ型核酸限制性内切酶是基因工程中最常用的工具酶之一，它的命名要点有：
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限制酶的名称由3个字母组成，第1个字母采用细菌属名的第1个斜体大写字母，第2和第3个字母采用细菌种名的前2个字母，需斜体小写。如大肠杆菌(Escherichia coli)用Eco表示，流感嗜血菌(Hacmophilus influcnzac)用Hin表示。第4个字母表示菌株的类型，用正体，如Hind中的d代表流感嗜血菌d株。从同一种微生物中发现多种限制酶，则依照发现和分离的先后顺序用罗马数字表示，罗马数字用正体。如流感嗜血菌d株有多种限制酶，则分别表示为HindⅠ、HindⅡ、HindⅢ等。
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根据以上命名要点，从淀粉液化芽孢杆菌(Bacills amyloliquef aciens)H株中分离的第1种限制性内切酶，命名为BamHⅠ[2]。
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12.2 重组基因载体：
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(1) 病毒缩写一般为正体，其编码在较多出版物为平排。如：T4、T7、Ch30、SV40、M13、Ch1、ΦX174等。
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(2) 质粒一律正体，一般首字母为小写p，后面的字母和数码平排。如：pBR322、pMC9、pDF41、ColEⅠ(pVH51)、pUC119等；粘粒有pJC720、pJB138、pTL5、pHS262，以及MuA23、MuA210等。
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新发现或改造的质粒命名第1个小写字母p表示质粒(plasmid)，后面2个或3个大写字母表示构建该质粒的研究人员的姓名或实验室名称，最后的数字表示构建的一系列质粒的编号。如pUC118，p代表质粒，UC代表研究人员姓名的英文缩写，118代表该质粒的编号。
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对于天然存在的质粒仍然使用原有的命名，如：ColE1、F、SCP1等。
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质粒中的缺失和其他类型重排的命名与细菌基因组中的缺失和重排的命名相同。譬如：缺失了基因cad与asa的质粒命名为pI258Δ(cad-asa7)。
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质粒载体抗药性的符号规定用大写字母表示表型，用相同的3个小写字母表示基因型，例如四环素抗药性的表型用TcR表示，基因型用tet表示。氨苄西林抗药性的表型符号用ApR表示，基因型用amp表示(是ampicillin的前3个字母)或bla(β-内酰胺酶，是βLactamase的前3个字母)表示[2]。
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(3) 噬菌体的命名：
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噬菌体基因的命名用其表型或基因产物单词的1～3个斜体的字母，大写或小写均可，如：N、cI、int等。当几个基因突变产生类似表型时，可加上罗马数字编号区分，如cⅠ、cⅡ、cⅢ，其基因产物可用gp加上基因名称表示，如gp43，或是在基因名称后加上“蛋白”两字，如cI蛋白。
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表型与基因产物的命名不用斜体，但第1个字母要大写，如N、Int。
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溶源性噬菌体在细菌染色体中的附着部位通常命名为att位点，其后是所对应噬菌体的命名，如attΚ、attP4、attHK022等[2]。
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13、细胞株缩写：
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有的有惯用缩写，例如：HeLa细胞株已约定俗成，不应写作Hela细胞株。
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14、计量单位：
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除一般法定的计量单位之外，生命科学中还有一些专用计量单位如：碱基对bp、核苷酸数nt、分子量Da(道尔顿)、基因图距cM(厘摩尔根)、每分钟转数r/min、每分钟计数cpm、沉降系数S、离心机重力加速度(用斜体g)，以及压强Pa、摩尔浓度mol/L等。
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15、有关统计学和数学符号：
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代表一系列变量的符号一般用斜体表示，如样本含量N或n、总体参数(平均差μ，标准差σ，方差σ2或V)、样本统计量(平均数，标准差S，方差S2)、变异系数(CV)、t值、F值、卡方值χ2、概率值P、平方和SS、乘积和SP、均方MS、相关系数r、回归系数b、通径系数p、函数f(x)、偏导数、矩阵和向量(黑体的X、Y)等等。代表非变量的符号，如微分符号d、协方差Cov或Var等用正体。一些标注性符号和常数也用正体，如量大值max、最小值min、极限lim、自然对数ln、常用对数log(以10为底的对数lg)、正弦sin、余弦cos、正切tg，以及常数e和π等等。在书写公式时，请注意不要将变量符号与基因符(代)号相混淆。
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参考文献：
Ka4uK6 http://www.numino.net
[1] 刘安，马学海，丁海珈，姚坚毅。谈谈生命科学出版物中符号使用的规范化。生物技术通讯，1999，10(1)：73－76。
M98306 http://www.numino.net
[2] 肖业臣，魏剑波。基因工程中常用术语的命名规则。生物学通报，2002，37(10)：11。
9de1or http://www.numino.net
[3] 张冰。科技期刊中基因及蛋白质的规范表达。学报编辑论丛，2007，81－86
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